Zawsze zaczynamy od małej dawki i stopniowo dochodzimy do dawki terapeutycznej, na której pozostajemy przez 3-4 miesiące. Następnie stopniowo redukujemy do zera. Dla osoby dorosłej terapeutyczna dawka to zazwyczaj 4-5 miliardów żywych komórek dziennie. U dzieci stosujemy mniejsze dawki w zależności od wieku dziecka: 3-5 letnie dawka 1 miliard dziennie, 6-11 letnie dawka 2 miliardy, starsze dzieci 3-4 miliardy dziennie. Nie zalecam stosowania S boulardii u dzieci młodszych niż 3 letnie, lepiej w tym przypadku używać domowego kefiru. Ważne, aby S boulardii podawać z innymi probiotykami, aby nie stały się one dominującymi w jelicie. Opierając się na doświadczeniu nie zalecałabym używania S boulardii na stałe, tylko jako dawka lecznicza. W dłuższym czasie lepiej stosować kefir, który zawiera zarówno bakterie jak i drożdźe.